刚开始使用益生菌时，有些人的体质会出现大便稀、拉肚子的问题，就有人担心是不是益生菌让“症状加重”了，确实有小部分人出现了大便次数增多或者大便比较稀的情况，如果这些情况没有伴随一些病理反应，如脱水严重，精神萎靡，甚至呕吐等其他症状，一般不是感染病症，而是益生菌使用过程中出现的“赫氏消亡反应”–俗称的“好转反应”。
1、什么是“赫氏消亡反应”?
大量临床试验发现:80%以上的人在服用益生菌时，基本不会有什么副反应的感觉，最多是肚子有些咕噜咕噜，产气比平常稍多一点而已。然而，对于一些肠道菌群已经失调的人，在服用益生菌的过程中，特别在刚开始补充益生菌的前1-4周，会出现病症加重的现象，如腹痛、多气、拉稀加重，皮肤出痘痘比之前更厉害等，这种现象叫做赫氏消亡反应。
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2、赫氏消亡反应，治愈疾病过程中黎明前的黑暗
在一个多世纪之前，两位欧洲皮肤病学家阿道夫•雅里希 (Adolf Jarisch) 和卡尔•赫克斯海默 (Karl Herxheimer) 各自独自观察到一种奇怪的现象:皮肤病患者在接受治疗后，他们的症状在最初往往会有所加重，甚至出现发热和恶心等不良反应。然而这些不良反应持续几天到一周后，病情开始慢慢好转直至康复。继续研究发现这种现象产生的原因其实是由于有害细菌死亡的过程中释放一些毒素，从而导致症状加重。
他们将其适用范围进一步扩大，以解释病人在接受治疗或者服用补充剂后出现不适症状。例如补充益生菌可能出现消化道不适，如肠胃胀气、排气较多、大便不成形等症状。有些人还会出现腹泻、发热、寒战、头痛、皮肤出痘痘等多种不适的症状。
这个时候，其实在人体的消化系统中，益生菌大军和有害菌正在展开剧烈的斗争。这场惨烈的战争，细菌们或者转移阵地或者被战死。有害菌为了存活会释放比平时更多量的毒素，或者改变代谢途径生成新型毒素来对抗益生菌。而这些毒素在对抗益生菌的同时，也对人体产生了“副作用”的症状。所以有这些副反应症状的原因不是因为服用的益生菌，而是因为已经占据体内肠道的那些有害菌。有时这些副反应反倒是一个好信号，因为说明益生菌起作用了，有害菌正在死亡。随着坚持服用益生菌，病情就会逐渐好转，逐渐战胜有害菌，直至身体完全康复。
3、赫氏消亡反应多久才能改善?
首先，要了解80%以上的健康人服用益生菌时不会出现赫氏消亡反应。赫氏消亡反应多发生于肠道菌群已经失调的患者。服用益生菌产生的赫氏消亡反应通常时间不长，大多数人几天至2周(及个别严重者会最长持续到4周)就会消失，从而转向身体康复阶段。
4、服用的益生菌后，在身体内是一个渐变过程
通过跟踪检测益生菌服用者体内肠道菌群的变化，临床试验研究表明，如果按疗程(一个疗程12周)服用定量的益生菌，则这些益生菌在人体肠道内有这样的生长变化过程:
竞争期1-4周
在开始服用益生菌的1-4周内，益生菌会和肠道内已经存在的有害菌及中性菌展开竞争，包括竞争营养、竞争生存空间、竞争能在肠道壁上附着的位置。这也是细菌们在肠道里战争的惨烈阶段，赫氏消亡反应也会发生在这一阶段。有害菌死亡时会释放大量毒素和其它代谢产物，抑制益生菌生长及对人体造成不适，益生菌也会释放大量细菌素(bacteriocin)和各种有机酸来消灭有害菌。双方的死亡量都较大。
优势期4-8周
由于坚持服用益生菌，这相当于在战争中不断补充援军，在4-8周这个阶段，益生菌会逐渐占领上风，这时肠道内的有害菌数量已经低于益生菌，有害菌释放毒素和其它代谢产物的量也被大大减低，同时外来的益生菌也会帮助体内原有的有益菌生长起来，和体内原有的有益菌进行协同作用，维护肠道健康。所以这个时候人体会开始感受到病症的改善。
巩固期8-12周
继续坚持服用益生菌，益生菌和体内原有有益菌一起协同作用，在肠道内的比例越来越高，有害菌的比例越来越低。人体对病症的改善的感觉也可能越来越明显，但这时决不能掉以轻心，因为有害菌的生存力也是极其顽强的。研究显示，大部分肠道有害菌都有较强的耐酸碱性，耐胆汁和酶解的特性。
有些有害菌还会产生孢子(休眠的细菌细胞，但有极厚的特殊细胞壁保护，抗各种恶略环境能力极强)或生物膜(细菌团体分泌的胞外多糖聚合物保护膜，对细菌有极强的保护作用)，在处于生长劣势时这些有害菌会以孢子及被生物膜保护的休眠状态下继续存活。这样的有害菌即使连抗生素也无能为力，研究显示，只有益生菌这样的生物武器才是目前对付这种有害菌的唯一办法。所以服用益生菌一定要坚持到12周，使益生菌和体内其它有益菌的优势最大化。
稳定期12周以上
当益生菌和有益菌在体内占有足够优势后，各种益生菌带来的正面效果才会逐渐体现出来。为了巩固这一效果，防止体内的有害菌卷土重来，以丹麦为主的健康专家建议在服用过12周的益生菌之后，可以将益生菌摄入量减到一半，用来巩固益生菌的效果，一直坚持到半年，然后可根据自身状况选择是否持续补充。对大多数人来讲，停用后，这一最优化的效果可以维持一段时间，大约半年到一年。但由于生活、饮食习惯等各种原因，现代城市人的生活方式较容易使肠道菌群不能到达最佳状态，那么需要阶段性的补充益生菌，或者将益生菌作为日常补充剂每天服用。
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