灭活益生菌就是通过在加工过程中采用特殊工艺对菌体进行处理，使其在保证完整菌体细胞的形态的前提下，让其失活。研究表明，益生菌细胞经适当破碎或者灭活后，具有更好的免疫调节、抗有害菌和抗过敏的功能。
灭活益生菌的优势特点：
安全性高
对于免疫力低下的人而言，服用活菌容易引起病理反应。相对而言，灭活状态的益生菌具有更高的安全性。
没有菌量的限制
灭活益生菌制剂对于益生菌的数量没有限制，而活菌制剂通常需要一定数量的才会具有显著的效果，未达到活菌数标准的益生菌活菌制剂对人体存在潜在危害，有时甚至会起到相反的效果。
可以和抗生素合用
人的身上有许多正常的菌群，这些菌群，这些菌群对人体来说必不可少。活菌制剂不能和抗生素合同，原因是抗生素在杀灭致病菌的同时，也杀灭了益生菌活菌，结果造成人体正常菌群失调，引发疾病，比如肠道菌紊乱，引起腹泻，导致人体消化、营养吸收的一系列不良反应。
生产保存容易
活菌易受温度和环境的影响，在无冷链运输过程中和货架期发生死亡或衰减，到消费者手中时，无法保证菌数和活性。而灭活益生菌无需特殊的保护，运输储存和使用更为简单，产品稳定性高。
抗逆性强
益生菌活菌要想顺利到达胃肠道发挥作用，必须经受唾液、胃酸、胆汁、碱性和各种消化酶的考验，这些物质都具有杀灭益生菌活菌的作用。而灭活益生菌细胞不受环境变化的影响，具有耐高温、耐胃酸、耐胆汁和耐碱性等特性。
灭活益生菌可以作为功能性食品的添加剂，也可以直接作为功能性食品，具有保健功能的灭活益生菌将为功能性食品工业的发展开辟更宽广的前景[1]。
【1】朱秀敏,曹萌.灭活益生菌的研究进展[J].中国微生态学杂志,2010,22(02):175-178.
灭活菌和活菌由于发挥功效的作用方式不同，在孰优孰劣方面不能简单对比。灭活益生菌更加安全，有效，不会被消化系统杀死，服用灭活益生菌后能百分百到达肠道被我们肠道吸收掉，没有任何副作用。而活性益生菌不稳定，不能通过胃酸等消化液的侵蚀，喝进去100亿的益生菌最后能活到肠道被吸收的不到百分之5。不能达到我们需要补充的菌量。
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