灭活菌是将益生菌通过「益生菌灭活技术」特殊处理，使其不再具有生命力，但仍对人体起到有益健康作用而制成的益生菌（比如增强免疫力、调理肠胃等等）。灭活益生菌不等于死菌，死菌是没有功效的，灭活菌保留益菌原有特性，只是不具备生长繁殖能力。最大的优点在于灭活菌可不受温度环境影响，更易存储运输，对人体健康作用更加显著。灭活菌的基础研究与应用，在日本、美国、俄罗斯、德国等国家较受重视，主要围绕灭活乳杆菌属、灭活双歧杆菌属、灭活枯草杆菌及一些灭活链球菌类进行研究。在日本含灭活双歧杆菌属的产品非常盛行，并形成了较大的产业规模。我国从上世纪50年代开始对益生菌及微生态相关的基础理论及应用进行研究，80年代逐渐出现了一些微生态制品。益生菌功能性的研究多限于活菌，在灭活菌及其制品方面的研究还比较少。
灭活的方法有热灭活、伽马射线灭活、紫外线灭活、酸灭活等不同方式，不同的灭活方式对益生菌的功效也不同。经研究目前紫外线可能是制作灭活益生菌制剂地理想手段。灭活后常用的干燥方式有常压干燥、减压干燥、喷雾干燥、冷冻干燥等。常压干燥特点包括：设备简单、干燥时间长、不耐热成分破坏、产品易结块；减压干燥的特点是：温度低、产品质松容易粉碎；喷雾干燥的特点有：温度高、热敏成分被破坏、产品损失较严重；真空冷冻干燥的特点是：低温环境有助于保住其风味和营养成分，低压环境可以防止被氧化，保持菌活力，冻干前后物料形状不会改变，内部呈现出均匀多孔的结构，并且会脱去90%-95%的水分，冻干粉的复水能力强且快，保质期也会延长。冻干产品保持了食品特有的色香味，具有良好的贮藏保鲜和复水性，受到消费者欢迎。
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灭活菌也是灭活益生菌。也被称为后生元。