从益生菌和后生元的定义来看，益生菌强调的是活菌。而后生元则是不含有活菌，即通过一定的方式有意对微生物细胞进行灭活处理，后生元主要包括灭活菌体、细菌代谢产物以及菌体细胞裂解物等组分。后生元是益生菌的菌体及代谢产物成分，与一般传统的活性益生菌不同，后生元里的生物源素分子小可直接作用于人体无须担心破坏菌竞争排出体外，具有强大的免疫激活力，可消灭既有坏菌，并协助好菌大量定殖增生。由于后生元不含有活菌，因此其天然具备安全性高和稳定性强的特点，很好地解决了益生菌在应用过程中遇到的难点，极大地扩展了后生元的商品型态和适用场景。
临床也有研究发现，使用益生菌、益生元或合生元应对某些疾病时，效果不佳或是起效速度过慢。因为益生菌需定殖后，透过竞争肠道黏附位置、平衡肠道菌群，才能达到促进身体健康。直接采用活菌的的代谢成分或是菌体成分（即后生元）在一些情况下可以更快更好的起到效果。因此，科学家将益生菌的菌体本身、代谢物、或是裂解产物，命名为后生元。
由于后生元分子量小，可以通过肠粘膜迅速进入人体，产生许多保健功效，包括增强免疫力、平衡肠道菌群、调节生理功能等。
目前已发现后生元在抗炎、维护肠屏障、肥胖、免疫调节、高血压、心血管疾病以及癌症等方面的作用。如果把肠道比喻成一座果园， 益生菌是种子， 益生元是益生菌的食物，而后生元则是肠道的养料。
相较于益生菌和益生元而言，后生元具有自己独特的优势：
（1）高安全性（灭活菌）；
（2）快速发挥机能性（见效快）；
（3）无人群限制（全人群）；
（4）稳定性更强（易保存）；
（5）用法更灵活（内服+外用）等。
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