益生菌引发众多争议背后，是科研领域的冷静与市场火爆的强烈错位。按照世界卫生组织的定义，益生菌是指当摄入足够数量时对宿主产生健康益处的活性微生物，核心是活菌、剂量、有益。也就是说衡量一款益生菌是不是合格，主要就看两点，添加的什么菌株，添加的活菌量有多少。目前国标、行标并没有作出强制的规范要求，不注明也不违反标准，这也给了当前很多益生菌品牌及生产企业“操作”的空间。在益生菌市场乱象之外，益生菌本身，科研工作者对于其功效都有一定共识，就是益生菌有用，尤其是在临床上。
按照《食品用益生菌通则》的规定，食品用益生菌和含益生菌食品，均应标示菌种的中文名称和菌株编号。比如动物双歧杆菌BB-12（Bifidobacterium animalis BB-12），双岐杆菌Bifidobacterium是属名，动物animalis是种名，BB-12是菌株编号。
益生菌对人体是否产生作用，总结了四个关键点：个体特异性、疾病特异性、菌株特异性以及产品特异性。不同的人，肠道原生菌群不一样，饮食习惯（对肠道菌群影响最大）也不一样，而每一株益生菌，其生物学特性、作用效果都可能不一样，都需要分别验证其临床效果。
更重要的是，“益生菌有用，但关键是有多少能够到肠道，而且，肠道里1毫升就有上亿细菌，作为食品中的益生菌含量能有多少，又有多少能够改变肠道菌群？就当做普通食品吃吃而已。”
由于益生菌具有菌株特异性，不同的菌株可能具有不同的作用。某大学食品科学与工程学院副院长强调：“在益生菌功效机制及其宿主的肠道菌群的认识方面还有很多不清晰的地方，所以我们同时注重或承认菌株特异性（A菌有用、B菌不一定有用）、人群特异性（对张三有用、但对李四不一定有用）、时间特异性（同样的临床表现上次有用但这次未必有用）”。
活在我们的身体约有400株益生菌
益生菌的菌株编号就像每个人的身份证，虽然都叫张三，但东北的张三和北京的张三是不一样的。有些商家混淆视听，产品里打着添加“XXX益生菌”的旗号，却不标明添加的是哪一种菌株。不仅在菌株标注上可以大做文章，很多生产企业在添加的活菌数量也有不少水分
除此之外，代工企业还不能保证活菌在保质期内的活性，“只保证出厂活性，大概30%左右。”也就是说要求添加100亿的活菌数量，可能出厂只有30亿活菌数。
“只有活的益生菌才能称作是真正意义上的益生菌”，而为什么要强调活的益生菌，华南理工大学生物工程学院食品科学与工程系教授刘少伟表示：“益生菌的价值主要在于它们的代谢产物，而益生菌一旦死了，就没有太大价值了。”
活菌数量不仅是衡量益生菌合格与否的标准，也是影响价格的重要因素。益生菌的生产就像做原料药和成品药一样，在营养师王喜平看来，“益生菌的成本，主要在前期的菌株研发时，菌株筛选、安全性测试和有效性试验、菌株保藏、知识产权保护等，如同制药一样，很费钱。然后在生产环节，都是几分几毛的。”
按照益生菌产品形态看，包含功能性食品（酸奶、乳酸菌饮料）、保健食品及药品（益生菌补充剂如粉剂、胶囊等）、益生菌原料（发酵果汁、酸奶的原料）。
益生菌本身并不是人为创造出来的，而是源于自然并且广泛分布在自然环境中和动物体内。因此，按照国家专利要求，发现新菌株仅属于科学发现，不能被授予专利，能证明其工业用途才可获取专利。
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