把益生菌经由、物理性处理、高静水压处理、震荡等加工方式处理后，仍保有其与活菌相同活性的菌体成分，可称为后生元。后生元和传统的活菌自然死亡 (死菌) 对健康的效应是完全不同，关键在于“是否能保存活效因子”？唯有经特殊处理 (例如: 热灭活) 的后生元，保存其特殊的活效因子，才能具备耐热、耐酸、和耐久存的特性。所以后生元生产厂家在发酵后生元的时候对生产环境要求很高。非一般的发酵合食品原料生产环境能够达到要去的。但某些情况下，食品加工方法会影响后生元成分。因此，人类对后生元的反应将取决于完善的生产过程和完整的临床试验报告，而非一般死菌就能达到促进健康功效。
后生元加工生产工艺关键要素：
后生元由灭活型益生菌制得，需要经过三个关键的制程:
菌株筛选: 筛选可分泌活效因子的潜力菌株。
菌体培养: 优化培养菌体的条件，刺激菌体活效因子分泌。
热封制程: 以特定的温度、环境、时间将乳酸菌体活效因子封存于菌体内。
发酵后生元原料可应用范围：
后生元可广泛应用于各种商品：果汁、饮料、乳品、糖果、奶粉、麦片等需要加工处理的一般食品中。国际各大微生物研究企业也在研究后生元，将乳酸菌制品变的更多元、更创新，不用再局限于传统益生菌的胶囊、锭剂和粉包等传统保健剂型，目前已有后生元应用于常温乳品、饮料、烘焙食品…..等一般食品的领域，实现健康食品一般化的目标。
总结：
益生菌的效能决定于活菌数以及肠道定殖效率，因此益生菌的生产、加工、运输，以及使用者菌丛生态将影响益生菌产品的有效程度。而随着微生物科技的发展，国内很多益生菌企业投入后生元开发，因后生元生产加工后不需「冷藏」，成功克服活菌的不稳定性，而且后生元的「快速激活」特性，持续优化肠道为菌丛生态，让益生菌发挥更快又更好的效能，形成一股结合益生菌、后生元的新趋势，后生元厂家也结合各种技术特性来提高发酵后生元研究。
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